Mapeamento de QTLS de resistências da soja ao nematóide de cisto por associação genômica

Mestrado em Biotecnologia Aplicada à Agricultura
Autor: Diorgenes Leonam Modernel da Silveira
Orientador: Ivan Schuster
Defendido em: 26/08/2016

Resumo

Este trabalho teve como objetivo identificar marcadores moleculares SNP em Associação Genômica com genes/QTLs de resistência da soja ao nematóide de cisto da soja (NCS), utilizando-se mapeamento por associação genética. Um painel de 168 variedades de soja do Brasil, cujos dados de genotipagem de seis mil marcadores SNPs estavam disponíveis, foi avaliado quanto a reação às raças 1 e 3 do NCS. Os dados dos marcadores moleculares e da avaliação fenotípica foram utilizados na análise de associação genômica, utilizando-se o método de modelos lineares mistos (MLM) e regressão múltipla. Foram identificados três QTLs de resistência à raça 1 do NCS, um no cromossomo 8 e dois no cromossomo 11, que explicam 50,7% da variação no índice de parasitismo (IP). Também foram identificados dois QTLs de resistência à raça 3 nos cromossomos 8 e 20, que explicam 31,7% da variação no IP. O QTL identificado no cromossomo 8, associado à resistência às duas raças do NCS é o loco do gene Rhg4. Os marcadores identificados podem ser utilizados pelos programas de melhoramento para seleção de resistência raça específica ao NCS.

Palavras-chave

Soja, NCS, Marcadores SNP, Mapeamento por Associação ,.GWAS

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Title

QTL Mapping of Soybean Cyst Nematode in Soybean by Genomic Association

Abstract

This study aimed to identify SNP molecular markers in Genomic Association with genes/QTLs for soybean resistance to soybean cyst nematode (SCN), using genetic association mapping. A panel of 168 soybean varieties from Brazil, whose genotipe data of six thousand SNPs markers were available, they were evaluated for reaction to races 1 and 3 of the SCN. The data of molecular markers and phenotypic analysis were used in genomic association analysis using mixed linear model (MLM) and multiple regression. Three QTLs were identified for resistance to SCN race 1, one on chromosome 8 and two on chromosome 11, explaining 50.7% of the variation in index of parasitism (IP). Also, two QTLs for resistance to race 3 was identified on chromosomes 8 and 20 that explain 31.7% of the variation in the IP. The QTL identified on chromosome 8, associated with resistance to both SCN races is the loci of Rhg4 gene. The QTLs identified in this study confirm earlier results obtained by different research groups, for the same races of SCN. The markers identified can be used for breeding programs to select for race specific resistance to SCN.

Keywords

Soybean, SCN, SNP Markers, Association Mapping ,.GWAS